Riserva, fondo comprendente tutto il materiale pregiato della Biblioteca. Esso consiste di: 80 cinquecentine, 50 incunaboli, 25.652 libri preziosi di qualsiasi periodo e libri antichi pubblicati fino all'anno 1800. La copertura disciplinare di tale fondo riguarda principalmente la teologia, la storia, la patrologia, la letteratura, la spiritualità, il diritto, la liturgia e le scienze;

Fondo Wetter, nato come Bibliotheca Scriptorum Russorum e poi Centro Studi Marxisti, è un'ampia raccolta di pubblicazioni (monografiche e periodiche) riguardanti la filosofia e la letteratura russa e sovietica, l'ateismo contemporaneo ed il marxismo. Il fondo è composto da circa 42.000 volumi;

Fondo Agiografico, raccolta di documenti relativi alle beatificazioni e canonizzazioni, circa 2.000 volumi;

Fondo SIDIC, raccolta di circa 6.000 libri sul dialogo interreligioso fra cristiani ed ebrei, donata nel 2001 dal SIDIC - Service International de Documentation Judéo-Chrétienne alla Biblioteca della Gregoriana;

Fondo Vedovato, raccolta di circa 4.600 libri, molti in lingue straniere, tra cui il russo, il cinese e l'etiopico e pubblicati nel corso del ventesimo secolo. Il Fondo copre prevalentemente tematiche afferenti al settore delle scienze umane e sociali, in particolare la storia universale moderna e contemporanea, l'economia e le dottrine economiche, il diritto internazionale, comunitario e nazionale, i diritti dell'uomo e le libertà fondamentali, le organizzazioni europee, la geografia ed il patrimonio storico artistico religioso italiano;

Fondo Biblioteca Europea Vedovato, raccolta di circa 35.000 pubblicazioni concernenti la storia del XX secolo (Europa e Africa), le tematiche legate ai processi di integrazione europea, le relazioni internazionali, la storia parlamentare e diplomatica. La Biblioteca sta attualmente procedendo alla catalogazione del Fondo;

Fondo Maurizio Fagiolo dell'Arco, circa 3.000 pubblicazioni concernenti la storia dell'arte con particolare riferimento all'arte barocca;

Tesi dottorali, più di 20.000 tesi dottorali, di cui oltre 6.000 della Pontificia Università Gregoriana.