Pio IX, con lettera della Congregazione per gli Studi del 16 agosto 1876, concesse che nell'Università Gregoriana fosse costituita la Facoltà di Diritto Canonico, perché insegnasse questa disciplina e conferisse i gradi accademici, tenendo conto di tutto ciò che la stessa Pontificia Università osserva sia per legge sia per consuetudine nel conferire i gradi delle altre Facoltà. Leone XIII confermò e ratificò questa concessione con lettera del 29 luglio 1896.

La Facoltà persegue in modo specifico il fine di coltivare la scienza canonica all'interno del mistero della Chiesa (OT 16) e così formare canonisti qualificati, sia per lo studio, l'insegnamento e l'applicazione del diritto ecclesiale secondo la viva tradizione della Chiesa, affinché sappiano collaborare al suo continuo rinnovamento e adattamento alle necessità dei tempi; sia per assolvere a particolari funzioni necessarie alla vita della Chiesa universale e delle Chiese particolari.

Tutto questo tenendo presente che il Diritto della Chiesa deve sempre tendere al bene soprannaturale dei singoli fedeli e all'edificazione della comunione ecclesiale.

La Facoltà, infine, ha rinnovato il suo programma di studi in esecuzione del Decreto Novo Codice emanato dalla Congregazione per l'Educazione Cattolica il 2 settembre 2002 con cui, apportando modifiche alla Cost. ap. Sapientia Christiana e alle Ordinationes applicative di essa, vengono riordinati i cicli di studio delle Facoltà di Diritto Canonico.