Riportiamo di seguito la normativa fondamentale in merito alla natura giuridica e al regime fiscale dell'Università Gregoriana.

Ente Centrale della Chiesa Cattolica. Santa Sede - Città del Vaticano

La Pontificia Università Gregoriana, con sede in Roma, Piazza della Pilotta n. 4, è un Ente Centrale della Chiesa Cattolica, di diritto pontificio, eretto dalla Santa Sede il 17 gennaio 1556, riconosciuto per antico possesso di stato come persona giuridica agli effetti civili dallo Stato Italiano. Riconoscimento rafforzato per esplicito richiamo operato nei Patti Lateranensi.

La Segreteria di Stato, con Dichiarazione dal Vaticano in data 16 dicembre 1986, conferma che "la Pontificia Università Gregoriana è Università Pontificia pleno iure, con Statuto approvato dalla Santa Sede. A norma dello Statuto, essa è governata personalmente dal Sommo Pontefice, il Quale esercita tale Sua funzione per mezzo della Congregazione per l'Educazione Cattolica, e ne nomina il Rettore". Dichiara anche "che essa è annoverata tra gli Enti Centrali della Chiesa Cattolica agli effetti degli articoli 11, 16 e 17 del Trattato Lateranense, e che la Convenzione tra l'Italia e la Città del Vaticano del 30 giugno 1930 l'ha inclusa tra le «Istituzioni od Offici della Santa Sede», di cui all'art. 20 del medesimo Trattato" (Lettera della Segreteria di Stato del 16 dicembre 1986, Prot. N. 188.293).

La natura di Ente Centrale della Chiesa Cattolica è ulteriormente attestata dalla Segreteria di Stato con Lettere al Rettore dell'Università, del 16 dicembre 1996 (Prot. N. 188.293), del 22 maggio 1999 (Prot. N. 439.997/A) e del 4 giugno 1999 (Prot. N.454.619/A). In quest'ultima, la Segreteria di Stato ribadisce: "Mi do premura di precisare che il documento rilasciato da questa Segreteria di Stato in data 16 dicembre 1986, attestante la natura di Ente Centrale della Chiesa Cattolica, è tuttora valido, non essendo sottomesso a scadenza o clausole".

La Costituzione Italiana, richiamando i Patti Lateranensi e fissando la procedura pattizia per la loro variazione li ha elevati al rango di norme costituzionali. Anche la normativa di esecuzione del Trattato risulta quindi rafforzata; il tutto non derogabile da leggi italiane successive inclusa l'esenzione.