Dall'anno accademico 1991-1992 la Pontificia Università Gregoriana promuove la formazione nel campo dei Beni Culturali della Chiesa. In quell'anno, sotto gli auspici della Santa Sede e della CEI, viene istituito presso la Gregoriana il Corso Superiore per i Beni Culturali della Chiesa, per la formazione di sacerdoti, religiosi e laici destinati ad assumere incarichi relativi alla conservazione e tutela dei Beni Culturali nelle rispettive Diocesi e Ordini religiosi.

Nel 2005, il Corso Superiore è unito alla Facoltà di Storia Ecclesiastica (fondata nel 1932), dando origine alla Facoltà di Storia e Beni Culturali della Chiesa, nata «sia per indagare e rilevare nel suo processo storico il cammino della Chiesa, sia per studiare e valorizzare il patrimonio storico ed artistico della tradizione cristiana». La Facoltà viene strutturata così in due Dipartimenti: Storia della Chiesa e Beni Culturali della Chiesa, a cui afferiscono docenti stabili, incaricati e invitati, laici e religiosi, provenienti da Università ed Istituzioni scientifiche italiane e internazionali.

Direttori del Dipartimento:

2005-2008, P. Jos Janssens S.J.
2008- 2010, P. Martin M. Morales S.J.
2012-2016, P. Nuno da Silva Gonçalves S.J.
Dal 1 settembre 2016, Prof. Ottavio Bucarelli.